| 管理學院 | 航運管理系暨研究所 | 資訊管理系暨研究所 |
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| 供應鏈管理系暨研究所 | 海洋休閒管理系暨研究所 | |
| 海洋事務與產業管理研究所 |
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| 造船及海洋工程系暨研究所 | 電訊工程系暨研究所 | |
| 海洋科技產學合作博士班 |
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| 水產科技產業博士班 |
| 海事學院 | 輪機工程系暨研究所 | 海事資訊科技系暨研究所 |
|---|---|---|
| 航運技術系暨研究所 |
| 通識教育委員會 | 基礎教育中心 | 外語教育中心 |
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| 體育教育中心 |
| 研發單位 | 創新育成中心 | 技術移轉中心 |
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| 科技潛水暨水域運動教學發展中心 | 管理學院 - 海洋事務研究中心 | |
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| 海工學院 - 海岸水與環境研究中心 | 海工學院 - 底泥研究中心 | |
| 科技與社會研究中心 | 海事學院 - 海事工程科學研究中心 | |
| 海事學院 - 海事調查與鑑定中心 | 水圈學院 水食系 - 水產檢驗服務中心 | |
| 海事學院 航技系 - 海事安全研究中心 | 海事學院 航技系 - 水下搜尋暨船舶交通資源中心 | |
| 海事學院 輪機系 - 漁船及船舶科技研究中心 | 海事學院 輪機系 - 振動與噪音檢測中心 | |
| 海事學院 輪機系 - 電能與控制研究中心 |
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