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2007年2月，學校成立教學發展中心。 6月6日，宣布成立智慧型仿生裝置研究中心。 9月27日，榮獲行政管理機構頒發第五屆金檔獎，並獲台灣地區教育主管部門補助100萬元台幣。加入開放式課程聯盟（OCWC），成為台灣第一所加入該國際組織之學校。

2008年4月12日，學校舉辦了在台建校50週年校慶暨台灣50、影響50頒獎典禮，11月28日，榮獲台灣地區教育主管部門97年度產學合作績優學校獎。

2009年，學校與上海交通大學、西安交通大學簽訂學術交流合作協議。台灣邁向頂尖大學計劃執行成果，考評結果優等。 4月，與北京交通大學和浙江大學簽訂學術交流合作協議。 11月 ，參加第一屆亞洲區開放式課程會議，並爭取到第二屆舉辦權。

2010年12月8日，榮獲台灣地區教育主管部門產學合作優質學校獎之核心指標智慧財產授權收益與效率台灣交通大學組獎項第一和台灣地區經濟主管部門中小企業處創新服務獎。

2019年9月18日，台灣陽明大學與台灣交通大學分別召開校務會議，表決通過了兩校合併的計劃書。根據早前陽明大學暨交通大學合校工作委員會擬定的合校計劃書，新校名為“陽明交通大學”，簡稱“陽明交大”。

2020年7月30日，台當局同意台灣陽明大學與台灣交通大學合併案；同年8月12日，台當局教育主管部門函復兩校於明年2月1日起合併為“陽明交通大學”。