國立中山大學擁有若干全台首創之院系所，包括海洋科學學院與相關系所、社會科學院、外國語文博士班、EMBA及社會學系（所）等等。
| 文學院 | 中國文學系 | 外國語文學系 |
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| 音樂學系 | 劇場藝術學系＊ | |
| 哲學研究所 | 藝術管理與創業研究所 |
| 理學院 | 化學系 | 物理學系 |
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| 生物科學系 | 應用數學系 | |
| 加速器光源及中子束應用博士學位學程＊ |
| 工學院 | 電機工程學系 | 機械與機電工程學系 |
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| 資訊工程學系 | 材料與光電科學學系＊ | |
| 光電工程學系 | 環境工程研究所 | |
| 通訊工程研究所 |
| 管理學院 | 企業管理學系 | 資訊管理學系 |
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| 財務管理學系＊ | 公共事務管理研究所 | |
| 人力資源管理研究所 | 行銷傳播管理研究所 | |
| 醫務管理研究所 | 高階經營碩士班（EMBA）＊ | |
| 國際經營管理碩士班（IBMBA）＊ |
| 海洋科學學院＊ | 海洋科學系 | 海洋生物科技暨資源學系＊ |
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| 海洋環境及工程學系 | 海下科技研究所 | |
| 海洋事務研究所 | 海洋生物科技博士學位學程＊ |
| 社會科學院 | 政治經濟學系＊ | 社會學系 |
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| 中國與亞太區域研究所＊ | 政治學研究所 | |
| 經濟學研究所 | 教育學研究所 | |
| 高階公共政策碩士學程在職專班＊ | 亞太事務英語碩士學位學程＊ |
| 醫學院 | 學士後醫學系 | 臨床醫學科學博士學位學程 |
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| 生物醫學研究所 | 醫學科技研究所 | |
| 生技醫藥研究所 | 精準醫學研究所 |
| 西灣學院 | 人文暨科技跨領域學士學位學程 | 基礎教育中心 |
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| 博雅教育中心 | 運動與健康教育中心 | |
| 服務學習教育中心 |
| 半導體及重點科技研究學院 | 先進半導體封測研究所 | 精密電子零組件研究所 |
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| 國際金融研究學院 | 國際資產管理研究所 | 永續金融/數位金融學程 |
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全校擁有下列六種研究中心（合共46個）：
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