國立清華大學校史館最初設於第二綜合大樓一樓東側(包括今藝術中心展覽室及辦公室),1985年驗收啟用。籌建時期,校史有關業務並無建制可言,僅由校長及若干教授組成「校史委員會」負責規劃、研擬有關校史館事宜。該委員會曾提出為期兩年之「清華校史室之籌建與近期發展規劃」專案計畫,由鍾堅教授擔任計畫主持人。爾後,又有張一熙教授主持之「清華校史室後期規劃」之專案計畫,曾舉辦多項特展,定期做北平清華、昆明聯大、新竹時期校友訪問,除錄音收藏外,並做成採訪稿,成為校史館之重要檔案。
2004年3月起進行「校史資料整理、徵集計畫」,整理建檔並數位化校史資料,以此建置數位典藏資料庫、數位校史館網站及「清華記憶」Wiki,作為呈現校史與促進清華人交流之平台。約在2004年前計畫草創初期,圖書館已於網頁上設有數位校史館網站的Home page供讀者使用,爾後委請清華網路文教基金會清蔚園資訊網路小組,重新改版網站面貌,於2005年4月建置完成。為使校史所建檔之資料及掃描之圖檔,可於網路上提供無遠弗屆的全時服務,圖書館於2005年擬訂「清大圖書館數典系統需求書」,進行公開招標與甄選,2006-2007年陸續完成校史數位典藏資料庫建置及二期擴充。
2011年則由圖書館自行開發校史Dspace資料庫系統與檢索介面。2014年,為使圖書館館藏之校史資料、受贈名人手稿、文獻暨文物等特色典藏,發揮其學術研究效益,故結合歷年研發網站和數位化資料庫之經驗,著手建置「校史與特藏數位資料管理系統」,簡稱「數位典藏」查詢平台,2015年9月正式上線,包含校史典藏、校史大事記暨各主題特色典藏資料庫。