開南大學現有商、觀光運輸、資訊、人文社會、健康照護管理5個學院，目前招生系所有21 個學系與 11 個碩士班、7個碩士在職專班。
| 商學院 | 企業與創業管理學系 | 國際企業學系 |
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| 會計學系 | 行銷學系 | |
| 國際榮譽學程 |
| 觀光運輸學院 | 物流與航運管理學系 | 空運管理學系 |
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| 觀光與餐飲旅館學系 | 交通運輸學系 | |
| 休閒事業管理學系 |
| 資訊學院 | 資訊管理學系 | 資訊傳播學系 |
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| 數位多媒體設計學系 | 電影與創意媒體學系 |
| 人文社會學院 | 法律學系 | 應用日語學系 |
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| 應用英語學系 | 應用華語學系 |
| 健康照護管理學院 | 保健營養學系 | 健康產業管理學系 |
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| 養生與健康行銷學系 |
| 商學院 | 國際企業學系 | 商學院碩士班 |
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| 觀光運輸學院 | 觀光運輸學院碩士班觀光休閒組 | 觀光運輸學院碩士班國際運輸組 |
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| 資訊學院 | 資訊管理學系 |
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| 人文社會學院 | 法律學系 | 公共事務管理學系 |
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| 應用日語學系 | 應用英語學系 | |
| 應用華語學系 |
| 健康照護管理學院 | 健康照護管理學院健康照護技術碩士班 |
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| 商學院 | 商學院碩士在職專班經營管理組 |
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| 觀光運輸學院 | 觀光運輸學院碩士在職專班物流航運組 | 觀光運輸學院碩士在職專班航空運輸組 |
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| 觀光運輸學院碩士在職專班觀光休閒組 |
| 資訊學院 | 資訊學院碩士在職專班 |
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| 人文社會學院 | 人文社會學院公共管理碩士在職專班 | 人文社會學院法律碩士在職專班 |
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