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教學單位

工程學院

本院於86學年度成立，前身為「國立雲林技術學院」工程學群，機械工程、電機工程、電子工程、環境與安全系為最初的科系。本院目前共有7系11所5博士班及4中心，工程學院已獲得IEET國際工程與科技教育認證。^[28][29]

管理學院

管理學院於民國86年(1997年)設立，設有三大管院總面積約22594平方公尺，除注重大學部教育外，也兼顧發展研究所教育，每一系皆設有博士班、碩士班，為台灣第一個獲得美國AACSB國際商管認證與台灣ACCSB華文學院商管認證雙重認證之科技大學。^[30][31]

設計學院

設計領域為雲林科技大學發展的重點，設計學院有多樣化的系所，並設立設計研究中心及數位媒體設計教學資源中心，在教學與研究單位相當完整^[32]。 國際設計聯合學會亞洲唯一的分會，就設立於雲林科技大學校內，其學會的成員有來自德國柏林工業大學、義大利米蘭理工大學、美國舊金山藝術大學以及麻省理工學院、香港理工大學、澳洲昆士蘭大學等學校，發表最新的設計理念與學術論文交流^[33]。目前擁有六個系所及三個研究中心。每年度在國際設計比賽，紅點概念設計獎(Red Dot Design Concept Award)、iF學生設計獎(iF STUDENT DESIGN AWARD)以及新一代設計展皆有傑出表現。

人文與科學學院

配合國家發展與業界需求，依據本校教育宗旨，在「科技與人文並重」和「理論與實務合一」的理念下，推動人文、數理化、通識教育；鼓勵學術研究並加強交流；進行產學合作與社區服務。

未來學院

本院期望學生適性適才、發揮天賦，為每一個學生量身打造IEP個人學習計畫，鬆綁必選修學分、打破系所藩際，學生自由在本校各院系所修課，透過基礎課程培養學生人文、社會、美學、科技、產業之素養，實習實作及專題課程讓學生對接產業、提升技能，減少學用落差。